Iberdrolak eta museoak partekatzen duten ingurumenarekiko konpromisoaren ildoaren barruan, azken hilabeteotan lanean jardun da museoa berritzeko egindako azken proiektuak (Luis M.ª Uriarte arkitektoak gauzatu zuen, 2001ean) arkitekturaren eta natur ingurunearen artean ezarritako jatorrizko eztabaida lehengoratzeko. Une hartan, kristalezko galeria berri bat eraiki zen, antzinako eraikinaren adreiluzko horma opakuari atxikita, mendebaldeko fatxadan; ordutik, museoaren bi eraikinak lotzen ditu.
Museoaren arkitekturak inguruko "natur museoari" –115.200 metro koadroko ondare berdea, bost kontinenteetatik ekarritako 70 espezie baino gehiago biltzen dituela– dion errespetuak modu positiboan baldintzatu zuen berritze lanen garapena, jatorrizko zuhaitza identitate-ikur gisa txertatuz.
Urte batzuk geroago zuhaitza hil zenean, lotura bitxi hori galdu egin zen; orain, Bilboko Udalaren Lorezaintza Zerbitzuaren lankidetzari esker, berreskuratu egin da, Indi gaztainondo zuri berri bat (Aesculus hipocastanum) landatuta jatorrizko tokian; hazten doan neurrian, jarraipena egingo zaie zuhaitzari eta beiratearen tarterantz hazten ari den adarrari.
Museoak Gabonetako argiekin nabarmendu nahi izan du lehengoratze-lana: antzinako eraikinaren jatorrizko fatxadan jarri dira, jatorrizko sarrera gogora ekartzen duen keinua eginez. A(r)teak zabalduz lelopean, museoa dohainik zabalik egongo den 110 orduetan egongo da ikusgai, abenduaren 24tik (astelehena) urtarrilaren 7ra (astelehena) bitartean (abenduak 25, urtarrilak 1 eta urtarrilak 6 kenduta; izan ere, museoa itxita egongo da egun horietan).